アトピーの原因として挙げられるのが、遺伝や体質、食べ物、環境、生活習慣等ですが、はっきりしているのはアトピー性皮膚炎の70〜80％の患者がIgE（免疫グロブリンE)と呼ばれる、身体が抗原（身体が異物と認識するあらゆる物質）から自分を守ろうと免疫反応を起こし作り出すタンパク質の1種である抗体の数値が高いという特徴がみられます。
人は薬品浸けや、農薬まみれの汚染された野菜や肉を食べても、通常ならばアミノ酸等に分解され余分な物は排せつされるようになっています。
しかしながら、それらを分解されにくい異物として腸から吸収すると、ヘルパーT細胞が活性化し、IgEをどんどん促進する状態の時になり、ダニやハウスダスト等の2次的なアレルゲンに触れることで、ヒスタミンが過剰分泌され湿疹を起こすようです。
その2次的なアレルゲンとしては、卵、牛乳、大豆製品、小麦製品、米や、化学物質たっぷりの加工食品、接触でアレルゲンとなるハウスダストや花粉、ダニ、ペットの毛、刺激の強い合成界面活性剤の入っている洗剤や石鹸等が原因として挙げられます。
つまり昔と比べて汚染された生活環境や、利便性を求めるために様々な添加物に慣らされてしまった食生活等が一番の大きな原因とも言えるようです。